价值链分析的不确定因素
虽然参与公司价值链分析的联盟企业可以通过它们之间的协调获得潜在利益，但也可能因伙伴企业的不确定因素
虽然参与公司价值链分析的联盟企业可以通过它们之间的协调获得潜在利益，但也可能因伙伴企业的不确定因素而产生风险。因此，核心企业进行完整价值链分析，必须在充分考虑价值链中所有节点企业之间相互依赖关系的基础上，设计一个治理结构，使其既能适应核心企业业务特点，又能够处理和控制价值链中节点企业可能发生的投机行为而引起的交易风险，来管理和协调价值链中企业之间的关系。更重要的是要使节点企业相信，与企业自己通过个别行为和权威的力量追求企业自身最优化相比，核心企业进行整个供应链的合作管理会更加有效，便会增加价值链中节点企业的合作意向，从而使公司的价值链分析成为可能。而参与公司完整价值链分析项目的节点企业可能发生的特殊风险及其对企业业绩的影响有如下三个方面：
敏感信息的交换
价值链中的节点企业进行信息共享的意愿是公司进行完整价值链分析的第一个不确定因素。当客户和供应商互相交换对方的成本和绩效信息时，企业会对自己的谈判状况和机密信息泄露给竞争者存有顾虑。因为竞争者可以通过供应商提供的成本信息，了解供应商的相对效率，并利用对自己有利的信息进行投机行为，获得将来在价格谈判上的潜在优势。特别地，最早参与完整价值链分析、改进供应链作业项目的供应商，特别担心核心企业会利用它们所提供的信息直接比较其运营效率，要求自己提高效率，直至网络平均水平，否则被淘汰出局。因此，如果核心企业不能确保不用这些秘密信息打击参与完整价值链分析合作项目的节点企业，节点企业就不会参与核心企业要求信息共享的、改善完整价值链的合作。因此，为了减少供应商信息被滥用的顾虑，核心企业需要对供应商明确说明敏感信息只是用于开发公司供应链，实现“多赢”的目标，而不是分类比较供应商效率，迫使供应商提高其效率到网络平均水平；除此以外，核心企业还需利用完整价值链分析的结果与有关供应商共同改进供应链中一些效率低下的作业。相反，如果企业不守信用，用投机方式利用供应商所提供的敏感信息，则会在整个供应商网络内产生强烈的负面影响，从而严重降低公司声誉，对公司缺少信任，也破坏公司与供应商之间的关系，大大降低供应商与其合作的意向，最终恶化供应链上所有各方的关系，当然也就谈不上降低供应链中的潜在成本。实现供应商敏感信息共享的基础就是供应商对核心企业的信任（如商誉）。当核心企业反复利用敏感信息进行完整价值链分析（而没有投机地利用信息）时，会进一步加强公司与节点企业之间以及节点企业互相之间的信任。由此可见，核心企业在供应商网络的声誉以及供应商对核心企业的信任，会对核心企业如何利用信息承诺的可靠性产生影响，也使其成为管理价值链中节点企业之间关系最有权威的机制。
成本和利益的公平分配
公司进行完整价值链分析的第二个不确定因素在于成本、投资及预期收益的公平分配。解决了诚信问题，企业决定是否参与合作还必须就以下两点进行分析：第一，进行完整价值链分析合作项目的风险及其收益率；第二，联盟企业预期利益的分配是否公平。Tomkins（2001年）认为只有当公司的合作者能取得与风险相当的收益率、并有希望得到公平份额的利益时，才愿意投资并参与完整价值链的分析项目，进而才有可能改善节点企业之间的关系，提高供应链中有关作业的效率。因此，基于价值链分析，核心企业在调整和改进公司供应链、实现了成本控制、提高了作业业绩、增加了盈利能力（价值链增值）以后，根据所发生的成本、投资及其项目风险，对该价值链所增加的盈利进行公平分配非常重要。特别地，如果核心企业为了提高供应链的整体业绩，需要价值链中的节点企业对某项新技术进行投资，节点企业在参与项目之前必须对该投资项目进行评价，通过作业成本模型与公司做进一步协商，以解决成本、利益和投资的共享问题。例如核心企业可以通过与供应商谈判，采用上调供应商商品价格的方式，分担供应商投资，实现利益的公平分配。
对特殊资产投资的使用
前已述及，如果完整价值链分析的合作项目需要联盟企业共同投资某特定资产改进供应链时，除了实现合适的收益率，联盟企业还必须确信核心企业不会将该特定资产挪作他用，并且该资产在此项目之外对核心企业来说价值很低（Williamson，1985年），否则联盟企业不会出资。这是第三个不确定因素。Gulati和Singh(1998年)认为，如果联盟企业之间已经通过以往的业务往来关系建立了某种信任，就可以假设联盟企业之间不会因为进行共同价值链分析、互换敏感信息而发生互相投机的行为。然而，如果某节点企业与价值链中的其他企业还没有足够的信任，但愿意加入完整价值链分析的合作联盟，这时核心企业需要采用一系列正式的控制机制维持各企业互相之间的信任，如要求新加盟企业签订关于利益和成本共摊的契约协议、采购量和合作关系的长短、信息交换的保密协议、设备的联合投资，以及互相抵押等等不同形式的协议，直至由于改进价值链而使企业业绩发生变化。
敏感信息的交换
价值链中的节点企业进行信息共享的意愿是公司进行完整价值链分析的第一个不确定因素。当客户和供应商互相交换对方的成本和绩效信息时，企业会对自己的谈判状况和机密信息泄露给竞争者存有顾虑。因为竞争者可以通过供应商提供的成本信息，了解供应商的相对效率，并利用对自己有利的信息进行投机行为，获得将来在价格谈判上的潜在优势。特别地，最早参与完整价值链分析、改进供应链作业项目的供应商，特别担心核心企业会利用它们所提供的信息直接比较其运营效率，要求自己提高效率，直至网络平均水平，否则被淘汰出局。因此，如果核心企业不能确保不用这些秘密信息打击参与完整价值链分析合作项目的节点企业，节点企业就不会参与核心企业要求信息共享的、改善完整价值链的合作。因此，为了减少供应商信息被滥用的顾虑，核心企业需要对供应商明确说明敏感信息只是用于开发公司供应链，实现“多赢”的目标，而不是分类比较供应商效率，迫使供应商提高其效率到网络平均水平；除此以外，核心企业还需利用完整价值链分析的结果与有关供应商共同改进供应链中一些效率低下的作业。相反，如果企业不守信用，用投机方式利用供应商所提供的敏感信息，则会在整个供应商网络内产生强烈的负面影响，从而严重降低公司声誉，对公司缺少信任，也破坏公司与供应商之间的关系，大大降低供应商与其合作的意向，最终恶化供应链上所有各方的关系，当然也就谈不上降低供应链中的潜在成本。实现供应商敏感信息共享的基础就是供应商对核心企业的信任（如商誉）。当核心企业反复利用敏感信息进行完整价值链分析（而没有投机地利用信息）时，会进一步加强公司与节点企业之间以及节点企业互相之间的信任。由此可见，核心企业在供应商网络的声誉以及供应商对核心企业的信任，会对核心企业如何利用信息承诺的可靠性产生影响，也使其成为管理价值链中节点企业之间关系最有权威的机制。
成本和利益的公平分配
公司进行完整价值链分析的第二个不确定因素在于成本、投资及预期收益的公平分配。解决了诚信问题，企业决定是否参与合作还必须就以下两点进行分析：第一，进行完整价值链分析合作项目的风险及其收益率；第二，联盟企业预期利益的分配是否公平。Tomkins（2001年）认为只有当公司的合作者能取得与风险相当的收益率、并有希望得到公平份额的利益时，才愿意投资并参与完整价值链的分析项目，进而才有可能改善节点企业之间的关系，提高供应链中有关作业的效率。因此，基于价值链分析，核心企业在调整和改进公司供应链、实现了成本控制、提高了作业业绩、增加了盈利能力（价值链增值）以后，根据所发生的成本、投资及其项目风险，对该价值链所增加的盈利进行公平分配非常重要。特别地，如果核心企业为了提高供应链的整体业绩，需要价值链中的节点企业对某项新技术进行投资，节点企业在参与项目之前必须对该投资项目进行评价，通过作业成本模型与公司做进一步协商，以解决成本、利益和投资的共享问题。例如核心企业可以通过与供应商谈判，采用上调供应商商品价格的方式，分担供应商投资，实现利益的公平分配。
对特殊资产投资的使用
前已述及，如果完整价值链分析的合作项目需要联盟企业共同投资某特定资产改进供应链时，除了实现合适的收益率，联盟企业还必须确信核心企业不会将该特定资产挪作他用，并且该资产在此项目之外对核心企业来说价值很低（Williamson，1985年），否则联盟企业不会出资。这是第三个不确定因素。Gulati和Singh(1998年)认为，如果联盟企业之间已经通过以往的业务往来关系建立了某种信任，就可以假设联盟企业之间不会因为进行共同价值链分析、互换敏感信息而发生互相投机的行为。然而，如果某节点企业与价值链中的其他企业还没有足够的信任，但愿意加入完整价值链分析的合作联盟，这时核心企业需要采用一系列正式的控制机制维持各企业互相之间的信任，如要求新加盟企业签订关于利益和成本共摊的契约协议、采购量和合作关系的长短、信息交换的保密协议、设备的联合投资，以及互相抵押等等不同形式的协议，直至由于改进价值链而使企业业绩发生变化。